I takt med att kännedomen ökat kring hur framförallt kemikalier påverkar miljön har även utbudet av ekologiska alternativ tagit fart. En medveten livsstil med en minimal negativ inverkan på naturen är ett centralt syfte med ekologiska produkter. I ekologiska odlingar får inte syntetiskt framställda bekämpningsmedel eller konstgödsel användas, vilka i annat fall sprids i naturen via luft och vattendrag.
Eftersom hälsokostens syfte är att främja hälsan värdesätts ekologiska produkter högt inom ämnet. Frukt och grönt besprutas ofta med kemikalier för att bibehållas innan de når sin slutdestination, vilket inte är tillåtet vid ekologiska livsmedel. Att endast naturliga produkter utan gifter används i framställningsprocessen är ett löfte vid valet av ekologiskt. En mängd olika tillsatser är dessutom vanligt vid konventionell odling medan ekologiska produkter endast får innehålla ett fåtal. När det gäller vitamin- och mineralhalt finns enligt livsmedelsverket hittills ingen forskning som tyder på någon konstaterad skillnad mellan ekologiska och konventionellt odlade produkter.
Alla svenska livsmedel märkta som ekologiska måste kontrolleras av ett godkänt kontrollorgan, samt vara certifierade. Kravet är att minst 95 % av produktens innehåll ska vara av helt ekologiskt ursprung. Inom EU finns ett särskilt regelverk för ekologisk produktion och dessa livsmedel innehar EU-symbolen i form av ett löv.